Mots clés : spectrométrie de masse, MS, MALDI, nanoLC-MS/MS, protéomique, électrophorèse sur gel en 2-D

La plate-forme de Spectrométrie de masse protéomique offre un service de pointe aussi bien aux chercheurs de l'Institut Curie qu'à des collaborateurs d'établissements nationaux et internationaux. Son rôle est d'identifier et de caractériser les protéines d'intérêts ainsi que les modifications post-traductionnelles. Par ailleurs, la plate-forme met à disposition des ateliers pour que la préparation des échantillons biologiques soit compatible avec l'analyse par spectrométrie de masse. Elle offre également la possibilité d'effectuer la séparation des protéines par électrophorèse bidimensionnelles.

La plate-forme se situe dans le bâtiment Biologie du Développement et Cancer en plein centre de Paris. Elle possède trois spectromètres de masse :

• Deux ESI-MS/MS, couplées à une chaîne nano chromatographie liquide haute performance (Dionex U3000), permettent de travailler sur des mélanges peptidiques. Le premier, un hybride à transformée de Fourier (Thermo Scientific LTQ Orbitrap XL), appareil de nouvelle génération, présente l'avantage d'être à la fois très sensible et très résolutif. Nous pouvons ainsi travailler sur des mélanges très complexes et identifier des protéines faiblement représentées dans le but d'aller toujours plus profondément dans les protéomes. Le second, un QUAD-TOF (Applied Biosystems Qstar® Elite) apporte beaucoup plus d'informations sur les séquences peptidiques. Cette technique est utile pour résoudre les ambiguïtés sur l'identité des peptides et/ou pour le séquençage de novo de protéines lorsque la séquence génomique est peu ou pas connue.
• Le dernier appareil est un MALDI TOF-TOF (Applied Biosystems 4800 plusTM). Il permet, d'après la carte peptidique massique et la haute résolution, d'identifier des protéines dont les génomes ont été séquencés. L'utilisation du mode MS/MS permet de confirmer l'identité de la protéine lorsque celle-ci est ambiguë. Le mode d'ionisation étant différent des appareils de type ESI, une partie des peptides analysés sont différents. Son utilisation est souvent complémentaire à celle du LTQ Orbitrap XL ou du QStar Elite.

Les données de séquences issues des différents spectromètres de masse sont ensuite traitées par deux algorithmes différents et complémentaires qui permettent d'identifier des protéines à partir de bases de données de séquences. Les informations ainsi obtenues sont entrées dans notre base de données (myProMS) qui permet une gestion efficace des données ainsi qu'un partage des résultats entre les massistes et les équipes de biologistes.

Le service participe au Cancéropôle Ile-de-France et, dans ce contexte, collabore tout spécialement avec l'Institut de cancérologie Gustave-Roussy (Villejuif) et l'École supérieure de physique et de chimie industrielles (ESPCI, Paris). Cependant, nos principales collaborations se font avec des groupes du Centre de recherche de l'Institut Curie. Nous avons des projets à long terme sur le protéome des phagosomes dans les cellules dendritiques et le protéome des exosomes (avec des chercheurs de l'unité Immunité et cancer, Unité 653 Inserm/Institut Curie), ainsi que sur l'utilisation de toxines comme vecteurs de substances anti-tumoraux (avec des chercheurs de l'unité Compartimentation et dynamique cellulaires, UMR144 CNRS/Institut Curie). De plus, nous travaillons avec des équipes intéressées par la biologie du développement comme nos voisins de l'École normale supérieure et la parasitologie (à l'Institut Pasteur de Paris et à l'Université de New York, Etats-Unis).

Dernière mise à jour : mars 2009