Mots clés : séquençage, haut débit, banque ADN, bioinformatique

La nouvelle génération de séquenceurs à très haut débit permet de séquencer, en quelques jours, plusieurs gigabases d'ADN, composés de courts fragments (35-50 nt).

Instrument de séquençage SOLiDTM

Cette technologie permet :

• le reséquençage massif des génomes (Re-SEQ) pour en identifier les variations, (SNP, indels, grandes duplications et délétions, inversions, insertions, translocations, anomalies de ploïdie, etc…),
• le séquençage ciblé d'une collection d'échantillons (Target-SEQ),
• la cartographie des sites de méthylation (M-SEQ),
• la cartographie des sites de fixation des protéines et des modifications, épigénétiques de la chromatine (ChIP-SEQ),
• l'identification des petits ARN (sRNA-SEQ),
• l'expression des gènes (RNA-SEQ),
• la recherche des interactions chromatiniennes à distance (Chromosome Conformation Capture)

Visualisation de la détection d'un polymorphisme (jaune) après alignement des fragments séquencés sur le génome de référence (SO

La plate-forme de séquençage à haut débit (SEQ-HD ) se situe à l'Institut Curie, 26 rue d'Ulm, 75248 Paris Cedex 05, bâtiment B de l'hôpital, pièce 104.
La plate-forme est équipée d'un séquenceur SOLiDTM version 2 d'Applied Biosystems et des matériels complémentaires de préparation des banques d'ADN. L'analyse des séquences est réalisée par la plate-forme de Bioinformatique de l'Institut Curie (au sein de l'U900 INSERM - Mines ParisTech - Institut Curie).

Contrôle qualité de l'intensité des signaux de séquençage (SOLiD System-Satay Report).

La plate-forme est destinée aux membres de l'Institut Curie et du Cancéropôle Ile-de-France. Elle est aussi ouverte aux autres équipes de la Montagne Sainte Geneviève et de la région Ile de France (nous contacter).

L'accès au séquenceur et aux autres équipements de la plateforme ne sont pas libres. La plate-forme de bioinformatique de l'Institut Curie (située dans le bâtiment de Biologie du Développement et Cancer) réalise un premier niveau d'analyse des séquences (rapport de qualité du run, cartographie des séquences) et met à la disposition de la communauté les outils d'analyse secondaire des séquences, et si besoin, une assistance dédiée (contact : bioinfo-ngs-contact@curie.fr). Les coûts sont facturés par l'Institut Curie.

Les informations sur les spécificités du séquenceur, les applications, les méthodes et les références bibliographiques sont consultables sur le site Applied Biosystems.