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Cancer et génome : bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe - Institut Curie / Inserm U900

Directeur de l'Unité : Emmanuel Barillot
Directeur adjoint : Jean-Philippe Vert

L'unité Cancer et Génome est installée sur 4 sites : à Paris dans le Pôle de Biologie du Développement et Cancer de l'Institut Curie, dans les locaux de la rue Mouffetard et ceux de la rue des Fossés-Saint-Jacques et à Fontainebleau à l'Ecole des Mines ParisTech. En co-tutelle avec l'Inserm et en partenariat avec l'Ecole des mines ParisTech, elle se compose de 33 chercheurs, ingénieurs et techniciens de recherche, 6 post-doctorants et 13 étudiants, organisés en 4 équipes de recherche et 1 plateforme technologique.

L'objectif de notre Unité est d'étudier plusieurs aspects de la pathologie cancéreuse sur la base de l'observation des mécanismes moléculaires et cellulaires qui la gouvernent: ces aspects couvrent l'initiation (étiologie), le développement et la progression tumorale (réseaux génétiques et protéiques impliqués), et l'amélioration des stratégies thérapeutiques (diagnostic, pronostic, cibles thérapeutiques). Nos projets de recherche sont menés en collaboration étroite avec les biologistes et les cliniciens de l'Institut Curie, et marient intégration de données, analyses statistiques, et modélisation mathématique.

Ils tirent parti des nouvelles technologies de la biologie à grande échelle au niveau moléculaire mais aussi cellulaire (spectrométrie, puces à ADN, phénotypage cellulaire à haut débit, séquençage massif) et mettent en oeuvre des méthodes pointues d'intégration de données, d'analyses statistiques, d'apprentissage statistique en grande dimension, d'étude de la complexité, d'inférence et de modélisation des réseaux, et de criblage virtuel.

L'approche que nous mettons en oeuvre pour l'intégration de différents niveaux d'échelle d'observation des tumeurs (ADN, ARN, protéines, réseaux d'interaction...) pour expliquer les propriétés globales des systèmes étudiés, en particulier le phénotype tumoral, alterne modélisation des réseaux, prédictions et tests expérimentaux, de façon itérative jusqu'à validation : on parle de Biologie des Systèmes.

Enfin, notre plate-forme Bioinformatique a une mission double d'intégration des données de profils moléculaires et d'imagerie cellulaire (bases de données, interfaces homme-machine et chaînes de traitement automatisées garantissent la pérennité, la traçabilité et la disponibilité de l'information), et d'analyse de ces données en collaboration avec nos collègues biologistes ou cliniciens qui ont recours à la plate-forme.

En matière de santé publique et de prise en charge clinique, notre récent travail a permis de mieux comprendre l'étiologie des formes héréditaires de cancer du sein et de mettre en évidence des signatures moléculaires de différentes tumeurs, comme par exemple les carcinomes du sein et mélanome uvéal.

Plus fondamentalement nous constituons les cartes d'interaction moléculaire gouvernant les processus biologiques impliqués dans la progression tumorale comme la prolifération cellulaire et l'apoptose.

Nous avons également mis au point les outils statistiques et infomatiques nécessaires à l'extraction des signaux biologiques à partir de puces à ADN, et des techniques intégrant les réseaux biologiques dans la recherche de prédicteurs diagnostiques ou prognostiques de la pathologie cancéreuse. Certains de ces résultats sont déjà utilisés en pratique clinique.

Enfin nous mettons à disposition de la communauté un environnement bioinformatique d'analyse moléculaire des tumeurs largement utilisé de par le monde (plus de cent équipes de recherche ont recours à nos outils).


Équipes


 
Plateforme

Découvrir le site de l'unité : www.u900.curie.fr


Institut Curie
08/02/2011