Plateforme Affymetrix de biologie moléculaire

La plateforme Affymetrix propose aux équipes de recherches et médicales de l'Institut Curie, l'analyse qualitative et quantitative de :

• de transcrits à l'aide de puces commerciales Affymetrix de type HG_U133 plus 2.0.
• de variants de transcrits, ou d'exons à l'aide de puces dédiées (HG_GENE.1.0 ou HG_EXON 1.0).
• d'altérations génétiques fines (nombre de copies par allèle, perte d'hétérozygoties, mutation ponctuelle) à l'aide de puces Mapping 100k SNP, 500K SNP, SNP5 et SNP6).

Les quantités de matériel demandées sont supérieures à celles nécessaires pour réaliser une expérience de façon à atteindre un contrôle qualité après réception et/ou pouvoir démarrer rapidement une synthèse supplémentaire en cas d'échec. Des critères de qualité sont définis pour les ARN totaux et pour les ADN génomiques afin de garantir un rendu de résultat correct. Liste des puces hybridées.

Les expériences d'analyse de transcriptomes sont réalisées à partir de 2µg d'ARN total extraits dans des conditions rigoureuses. Des protocoles de double amplification ou d'autres méthodes de préparation de cibles peuvent être envisagées (quantités respectives nécessaires : 200ng et 500pg).

Les expériences d'analyse de génomes sont réalisées à partir de 500ng d'ADN génomique extraits dans des conditions rigoureuses. Des ADNg amplifiés peuvent être utilisés comme matériel de départ.

Il est conseillé de concevoir un plan expérimental et d'envisager les moyens d'analyse avec le groupe ABCIS (Analyse de données Biologiques et Cliniques In Silico) de l'Institut. Les résultats des hybridations sont validés par nos soins, les analyses de transcriptomes ou de génomes peuvent être abordées par ABCIS ou réalisées par l'équipe.

Pour plus d'informations sur la réalisation d'un projet, d'un devis expérimental, merci de contacter David Gentien.