Service de génétique oncologique

Unité de génétique constitutionnelle

Responsable d'unité : Pr Dominique Stoppa Lyonnet

Nos missions :

L'Unité de Génétique Constitutionnelle dans le Service de Génétique a pour vocation le diagnostic de prédisposition aux cancers en utilisant les ressources de la génétique formelle et de la génétique moléculaire.

Notre activité :

L'analyse de l'histoire familiale recueillie au cours de la consultation de génétique est cruciale et constitue une part importante de son activité. Plus de 1200 consultations sont réalisées par an. Mise à part la consultation rétinoblastome, les trois autres ont une orientation "prédispositions aux cancers du sein et de l'ovaire". Ces trois consultations veulent cependant rester "généralistes", aptes à analyser toute histoire familiale, et à répondre à toute interrogation de la part des consultants.
L'activité du laboratoire en revanche est très focalisée vers l'analyse des gènes impliqués dans les prédispositions aux cancers du sein et de l'ovaire, BRCA1 et BRCA2 et dans la prédisposition au rétinoblastome. Le laboratoire réalise l'étude de cas recensés à l'Institut Curie mais aussi celle de cas adressés par d'autres consultations.
En 2008, 1 477 consultations ont été effectuéés.
Depuis 2000, nous avons mis en place l'étude du gêne RB1, environ 200 cas index sont analysés par an et autant d'enfants apparentés à risque. Le gêne ATM (Ataxie-Télangiectasie Mutated), initialement étudié dans le cadre d'une étude de recherche portant sur les prédispositions aux cancers du sein, est étudié chez des enfants dont le diagnostic d'AT (Ataxie-Télangiectasie) est suspecté sans être confirmé et également chez les parents d'un premier enfant atteint ayant un projet parental. Le laboratoire réalise près d'une quinzaine de diagnostics prénatals par an.
Enfin, un certain nombre de tests spécialisés dont l'indication a été porté en consultation sont réalisés dans des laboratoires correspondants (gènes de prédisposition aux cancers du côlon par exemple) et leur sont adressés. L'activité de stockage, d'envoi du matériel biologique est une tâche quotidienne du laboratoire.
L'Unité de Génétique Constitutionnelle a également une activité de recherche, recherche qui concerne trois domaines :

- optimisation et automatisation des méthodes de détection des altérations géniques;
- contribution au suivi des femmes à haut risque de cancer du sein et de l'ovaire (cohorte nationale, histoire naturelle des cancers BRCA, suivi par Imagerie par Résonnance Magnétique (IRM), ...);
- identification de facteurs génétiques de prédisposition aux cancers du sein (étude de suivi des femmes porteuses d'une mutation ATM à l'état hétérozygote, recherche de facteurs génétiques modificateurs des risques tumoraux,...).

Source : rapport d'activité.

Unité de génétique somatique

Responsable d'unité : Dr Olivier Delattre

Nos missions :

L'Unité de Génétique somatique assure, par l'analyse des altérations structurales du matériel génétique, le diagnostic moléculaire des tumeurs solides de l'enfant et de l'adulte ( tumeurs d'Ewing, sarcomes, neuroblastomes) et de leurs métastases occultes.

Notre activité :

Diagnostic moléculaire en oncologie effectué en 2008 :

284 Recherches de transcripts de fusion : Tumeurs à cellule rondes
Routine : Ewing, RhabdoMyosarcome, SynovialoSarcome, Tumeurs Desmoplastiques
Cas spécifiques : Melanomes Malins des Parties Molles, Liposarcomes Myxoïdes, ChondroSarcomes, FibroSarcomes Infantiles...

58 Diagnostics de Neuroblastome
Amplification de N-MYC (décisionnel)
Déletion du 1p (sur demande)

Nous effectuons également le diagnostic de tumeurs Rhabdoïdes
Délétions de INI1
Recherche de mutations INI1

Nous effectuons des développements à visée diagnostique :

Recherche de micrométastases par techniques moléculaires
Détection de nouvelles fusions (Syno, TLS-ERG...)

Recherche des délétions et mutations de SUFU
Génotypage des Rhabdomyosarcomes (PAX3/PAX7)

Développement d'une puce CGH Array dédiée au diagnostic du neuroblastome

Source : rapport d'activité.

Unité de cytogénétique

Responsable d'unité : Dr Jérôme Couturier

Nos missions :

L'Unité de cytogénétique assure le diagnostic d'altérations génétiques chromosomiques ou moléculaires dans les hémopathies et les tumeurs solides à l'aide des techniques d'hybridation in situ, dans un but diagnostique (hémopathies), pronostique (neuroblastomes) ou de ciblage thérapeutique.

Notre activité :

- Diagnostic caryotypique des anomalies chromosomiques caractéristiques de certains types de tumeurs (tumeurs pédiatriques, sarcomes, lymphomes...)
- Etablissement, par Hybridation In Situ, du statut de certains gènes (amplification, délétion) dans une perspective diagnostique, ou de stratification thérapeutique (MYCN, HER-2, RB...)
- Établissement de profils génomiques de tumeurs par Hybridation Génomique Comparative

En 2008, 100 caryotypes ont été réalisés.

Source : rapport d'activité.

Pharmacogénétique

Responsable d'unité : Dr Patricia De Cremoux

Nos missions :

Nous analysons les caractéristiques biologiques et pharmacologiques des tumeurs, en vue d'adapter individuellement les traitements, en particulier les traitements médicaux néo-adjuvants (avant chirurgie).

Notre activité :

298 typages moléculaires des papillomavirus humains dans les dysplasies et les cancers du col utérin ont été effectués en 2008.

Source : rapport d'activité.

Perspectives

- Détermination biologique du risque de récidive dans les cancers du sein
- Paramètres biologiques de résistance aux traitements néoadjuvants
- Pharmacogénétique et sensibilité individuelle