Bio-informaticien en analyse d'images et de données omiques (H/F)

• Laboratoire

La plateforme de bio-informatique de l'Institut Curie (https://curie.fr/plateforme/curiecoretech-bioinformatique-cubic) est composée de plus de 20 bioinformaticiens aux compétences allant du calcul haute performance et de la gestion des données à la bioinformatique et à l'analyse statistique des données. En 2020, 4 plateformes de l'institut (Custom Single Cell Omics, NGS, plateformes de cytométrie et de bioinformatique) ont uni leurs forces pour créer l’initiative Single cell, afin d’optimiser les services et le développement des omiques single cell pour la communauté scientifique.

Récemment, l'Initiative Single cell (https://curie.fr/plateforme/initiative-single-cell) a lancé de nouveaux projets innovants en protéomique spatiale, en utilisant l'imagerie par fluorescence à haute résolution sur lame entière (système Orion), et en transcriptomique spatiale (système Visium 10X). Ces technologies prometteuses combinent des informations visuelles/spatiales avec des informations moléculaires à grande échelle et représentent donc un grand défi en termes d'analyse et d'intégration de données.

• Le projet

Le candidat travaillera dans un environnement multidisciplinaire stimulant composé de la plateforme de bio-informatique et de l'Initiative Single Cell, en étroite collaboration avec la plateforme d'imagerie cellulaire et tissulaire. Le candidat sera en charge de projets très divers, allant de la conception d’outils d'analyse d'images et du développement de scripts personnalisés, à des collaborations complètes avec des biologistes pour analyser des données spatiales omiques.

Le candidat aura pour objectifs de :

• Tester, implanter et déployer des outils d'analyse et de traitement d'images/spatiales (stitching, segmentation, quantification, cell clustering)

• Construire des outils/pipelines d'analyse personnalisés pour les projets nécessitant des développements spécifiques.

• Travailler avec des scientifiques pour écrire/implémenter des algorithmes pour résoudre des problèmes de traitement d'images à partir d'ensembles de données de microscopie multidimensionnelle.

• Améliorer les outils existants (vitesse de calcul, interface utilisateur, création de workflow).

• Validation des outils développés.

• Former les scientifiques à l'utilisation des outils développés et réaliser des tutoriels.

• Profil recherché

Formation et compétences requises

Le candidat doit être titulaire d'un diplôme d'ingénieur ou d'un master en bioinformatique, (bio)physique, mathématiques appliquées ou tout autre domaine similaire, suivi d'une première expérience professionnelle en bioinformatique ou analyse de bioimage, ou être titulaire d'un doctorat en analyse de bioimage, bioinformatique, (bio)physique, mathématiques appliquées ou tout autre domaine concerné.

Compétences requises :

• Mathématiques appliquées ou science des données avec des connaissances en analyse d'images

• Expérience en traitement d'images (OME-TIFF), visualisation de données et développement de pipeline

• Compétences en programmation (par exemple, Python, R)

• Une expérience en biologie, en séquençage single cell et en imagerie est un plus

• Forte capacité de collaborer avec les porteurs de projets et de travailler en équipe

• Anglais professionnel indispensable

Toutes nos opportunités sont ouvertes aux personnes en situation de handicap.

• Contrat

Type de contrat : Contrat à durée déterminée (COD)

Date de début : 1er avril 2023

Durée : 18 mois, éventuellement 36 mois selon financement

Temps de travail : temps plein

Rémunération : selon les grilles en vigueur

Avantages sociaux : Restauration collective, remboursement des frais de transport jusqu'à 70%, mutuelle santé

Lieu du poste : Paris, 75005

• Contact

Pour postuler, merci d’envoyer votre CV, lettre de motivation et 2 références, à nicolas.servant@curie.fr et leanne.de-koning@curie.fr.

Date limite de candidature: 31 mars 2023

L'Institut Curie est un employeur inclusif et égalitaire et se consacre aux normes les plus élevées d'intégrité en recherche.