Bio-informaticien (ne) H/F
Date de clôture
Lieu(x) de travail
Paris
Secteur
Centre de Recherche
CDD
L'Institut Curie est un acteur majeur de la recherche et de la lutte contre le cancer. Il est constitué d'un hôpital, et d'un Centre de Recherche de plus de 1000 collaborateurs avec une forte représentativité internationale.
L’objectif du Centre de Recherche de l’institut Curie est de développer la recherche fondamentale et d’utiliser les connaissances produites pour améliorer le diagnostic, le pronostic, la thérapeutique des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche fondamentale et l’innovation au service du malade.

Finalité du poste

En charge des analyses bioinformatiques des données de séquençage RNA de cellule unique (10x ou drop-seq).

Missions/Activités principales

  • Adaptation et développement de méthodologie computationnelles pou l’analyse de grandes collections de données de séquençage d’ARN en cellule unique, humaines et murines, y compris (mais non limité à):
  •  Optimisation des méthodes d’identification cellulaire automatique pour la clusterisation et l’annotation en combinaison avec l’annotation manuelle en utilisant des marqueurs connus.
  • Analyse de changement en composition des clusters en réponse à de stimuli. Comparaison avec des bases de données disponibles en états physiologiques ou pathologiques.
  •  Application des algorithmes d’inférence de trajectoire et capture desétats intermédiaires entre états cellulaires, identification de ramifications donnant lieu à des différentiations vers des identités cellulaires différentes.
  • Analyses des interactions récepteur/ligands.
  •  Intégration des données de séquençage de cellules unique avec l’information spatiale générée par des analyses transcriptomiques in situ.
  • Travail collectif en étroite collaboration avec des biologists
  •  Supervision d’étudiants en Master

Profil du candidat (compétences techniques, linguistiques …)

  •  Consécration, proactivité, esprit d’équipe
  •  Autonomie et esprit critique
  •  Savoir programmer (R, Python, Unix) est indispensable
  •  Expérience préalable en analyses de données cellule unique est un plus
  •  Savoir communiquer et interagir de façon productive avec biologistes
  •  Communication en Anglais indispensable

Niveau Expérience / diplôme souhaité
 

  •  PhD, Ingénieur de recherche or équivalent
Exemple : +33112365489.
Seuls les PDF sont acceptés.