Bioinformaticien Séquençage Long-Reads (M/F)

Date de clôture
Lieu(x) de travail
Paris
Secteur
Centre de Recherche
CDD
Institut Curie - centre de recherche
L'Institut Curie est un acteur majeur dans la lutte contre le cancer aussi bien au niveau de la recherche que du soin. L'objectif de la recherche translationnelle au sein de l’institut est d'utiliser les connaissances produites pour améliorer le diagnostic, le pronostic et la thérapeutique des patients atteints de cancers dans le cadre du continuum entre recherche et innovation au service du patient.

Description du poste

Laboratoire - Service

INSERM U900 (Cancer et Génome : bio-informatique Biostatistique et Epidémiologie des Systèmes Complexes)

En oncologie, la capacité à distinguer les différentes entités tumorales est une préoccupation majeure pour le diagnostic des tumeurs. À titre d'exemple, la classification actuelle des tumeurs cérébrale dépend fortement des analyses moléculaires. Parmi les outils moléculaires disponibles, le méthylome a montré son indéniable intérêt dans la classification de ces tumeurs. Depuis 2017, il a été démontré que le séquençage par nanopores peut être utilisé pour explorer le méthylome des tumeurs cérébrales pour aider à leur classification. Outre l’intérêt du méthylome, des fusions impliquant des oncogènes ont été rapportées dans plusieurs types de tumeurs cérébrale et de sarcomes et leur mise en évidence peut avoir un intérêt majeur dans la classification de ces tumeurs. La stratégie d'enrichissement par séquençage adaptatif (adaptive sampling) a été décrit très récemment et est uniquement applicable au séquençage par nanopores. Cette technologie (déjà initié à l’institut Curie) pourrait permettre d’avoir des outils de caractérisation des tumeurs intégrés unique qui s'inscrivent pleinement dans la tendance actuelle d'amélioration de la biologie moléculaire applicable en oncologie.

Missions 

La personne retenue sera en charges des missions suivantes :

  • Manipulation des données issues de séquenceur Nanopore
  • Amélioration du profilage de méthylation et de nombre de copie déjà analysé au sein de l’institut Curie
  • Comparaison des données de méthylation de Nanopore à celles de puce EPIC (Illumina)
  • Renforcer la mise en place (déjà initié) de l’adaptive sampling en particulier pour la recherche de variant structuraux
  • Missions secondaires :
    • Développer l’analyse du séquençage de l’ARN par Nanopore
    • Développer la mesure des télomères par Nanopore.

 

Profil recherché

Profil du candidat

  • Master II en bioinformatique ou équivalent
  • Maitrise des langages Python et R
  • Maitrise de l’anglais (niveau courant)
  • Connaissances scientifiques et médicales générales et en particulier en biologie moléculaire
  • Des connaissances en oncologie seraient un plus.

Qualité requise

  • Polyvalence dans le domaine de la bioinformatique
  • Autonomie et aptitude à travailler en équipe
  • Rigueur et sens de l’organisation.

Toutes nos opportunités sont ouvertes à des personnes en situation de handicap.

 

Informations sur le contrat

  • Type de contrat : CDD
  • Date de démarrage : Dès que possible
  • Durée du contrat : 12 mois (extensible à 18 mois)
  • Temps de travail : Temps plein
  • Rémunération : Selon les grilles en vigueur
  • Avantages : Restauration collective, prise en charge du titre de transport annuel à 70%, mutuelle d’entreprise
  • Localisation du poste : Paris 5°
  • Référence : 2023-01-U900-CDDBIOINF01

 

Contact

Envoyer CV, lettre de motivation et lettre(s) de recommandation à « nicolas.servant@curie.fr » et « julien.masliahplanchon@curie.fr ».

 

Date de parution de l’offre : 16 janvier 2023

Date limite des candidatures : 28 février 2023

 

L'Institut Curie est un employeur inclusif respectant l'égalité des chances.

Il s’engage également à appliquer des normes exigeantes en matière d'intégrité de la recherche.

Exemple : +33112365489
Seuls les PDF sont acceptés.

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