Post-doctorat en bioinformatique -Tumeurs pédiatriques cérébrales (H/F)

Date de clôture
Lieu(x) de travail
Saint-Cloud
Secteur
Centre de Recherche
CDD
Le Centre de recherche de l’Institut Curie
L'Institut Curie est un acteur majeur de la recherche et de la lutte contre le cancer. Il est constitué d'un hôpital et d'un Centre de recherche de plus de 1000 collaborateurs avec une forte représentativité internationale.
L’objectif du Centre de recherche de l’institut Curie est de développer la recherche fondamentale et d’utiliser les connaissances produites pour améliorer le diagnostic, le pronostic, la thérapeutique des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche fondamentale et l’innovation au service du malade.

Description du poste

 

  • Laboratoire

 

L’équipe Cavalli recherche un chercheur post-doctorant pour étudier l’hétérogénéité au sein de tumeurs cérébrales pédiatriques.

L’équipe Bioinformatique et Génomique Intégrative des Cancers développe ses travaux au sein de l’unité U900, Cancer et Génome : Bioinformatique, Biostatistiques et Épidémiologie des Systèmes Complexes (INSERM, Mines ParisTech, Institut Curie) à l’Institut Curie. Ce département est composé de ~90 chercheurs et étudiants regroupés au sein d’équipes multidisciplinaires grandissantes composées de bioinformaticiens, biologistes, médecins, mathématiciens, statisticiens, physiciens et informaticiens (page unité U900).

L’équipe Cavalli étudie l’hétérogénéité tumorale pour répondre à des questions cliniques importantes. Nous développons au sein du laboratoire des approches génomiques pour étudier différents aspects cliniques de la biologie des tumeurs cérébrales en analysant des données générées à partir d’échantillons de patients. Plus spécifiquement, nous étudions l’hétérogénéité intra-tumorale et spatiale, les interactions avec le microenvironnement, et l’évolution des gliomes et des tumeurs pédiatriques cérébrales embryonnaires. Nos projets sont développés dans un environnement dynamique et collaboratif avec les chercheurs et cliniciens de l’Institut Curie et du réseau POLA (Réseau National POLA pour la prise en charge des tumeurs oligodendrogliales de haut-grade).

Projet de recherche

Nous recherchons un chercheur post-doctorant, ayant terminé sa thèse récemment, qui souhaite étudier la complexité de la biologie des tumeurs, particulièrement l’hétérogénéité intra-tumorale/spatiale, en réalisant des analyses bioinformatiques à partir de nouvelles données de séquençages. Il/Elle sera en charge de l’analyse complète d’une nouvelle cohorte de données multi-omiques à l’échelle de la cellule unique (10X multiome snRNA-seq/ATAC-seq) et de transcriptomique spatiale (10X Visium spatial transcriptomics) d’échantillons de tumeurs pediatriques embryonnaires avec une duplication en tandem du gène BCOR. Ces tumeurs rares sont hétérogènes au point de vue histologique mais nous connaissons peu de chose sur les types cellulaires les composant et leurs organisations au sein de ces tumeurs.

 

Responsabilités :

  • Développer et mener un projet de recherche ciblant l’hétérogénéité tumorale
  • Analyse complète de données (qualité, traitement, normalisation, visualisation, interprétation…) à partir de données brutes
  • Analyser des données à l’échelle de la cellule unique (« single-cell »)
  • Analyser des données de transcriptomique spatiale
  • Utilisation et développement de méthodes et de stratégies pour évaluer l’hétérogénéité tumorale spatiale
  • Caractériser les interactions avec l’environnement tumorale
  • Analyse de données à grande échelle et intégration de différents types de données « omique ».

 

  • Profil recherché

 

Formation et compétences 

  • Thèse en bioinformatique, statistique ou informatique avec des connaissances et un intérêt pour la biologie
  • Avoir développé des stratégies d’analyses de données innovantes
  • Avoir développé des connaissances importantes dans un ou plusieurs des domaines suivants : génomique, biologie des cancers ou statistiques
  • Être familier avec le travail sous l’environnement Unix
  • Très bonnes compétences en programmation
  • Maîtrise des outils d’analyses des données de séquençage
  • Maîtrise d’analyses statistiques avec le logiciel R
  • Une expérience d’analyse de données à l’échelle de la cellule unique est désirable
  • Une compréhension de la biologie cellulaire est un atout ainsi qu’une expérience de collaboration avec des biologiques pour résoudre une question donnée.
  • Excellente communication verbale et écrite en anglais.

Aptitudes requises

  • Doit être motivé(e) et capable de travailler en autonomie
  • Esprit d´équipe
  • Capacité à bien communiquer avec les biologistes et médecins.

 

Toutes nos opportunités sont ouvertes à des personnes en situation de handicap.

 

Informations sur le contrat

  • Type de contrat : CDD
  • Date de démarrage :  dès que possible
  • Durée du contrat : 1.5 ans
  • Temps de travail : Temps complet
  • Rémunération : Selon les grilles en vigueur
  • Avantages : Restauration collective, prise en charge du titre de transport annuel à 70%, mutuelle d’entreprise
  • Localisation du poste : Saint-Cloud
  • Référence : 2022-07-U900-POSTDOC01

 

  • Contact

Pour postuler, merci d’envoyer CV, lettre de motivation et les coordonnées de 3 référents au Dr Cavalli florence.cavalli@curie.fr

 

Date de parution de l’offre : Juillet 2022

Date limite des candidatures : Septembre 2022

 

L'Institut Curie est un employeur inclusif respectant l'égalité des chances.

Il s’engage également à appliquer des normes exigeantes en matière d'intégrité de la recherche.

Exemple : +33112365489
Seuls les PDF sont acceptés.