Les longs ARN non codants dans le cancer : découverte, caractérisation fonctionnelle et pertinence clinique.
Le séquençage à haut débit de l'ARN total chez l'homme a produit des catalogues de longs ARN non codant (lncARN) dont le nombre dépasse aujourd'hui celui des gènes codant pour les protéines atteignant plus de 100 000 transcrits selon LNCipedia (Volders, 2015). Il a été démontré qu'un nombre croissant de lncARN accomplissent une remarquable diversité de fonctions biologiques, notamment la régulation de l'expression des gènes, le maintien de l'intégrité et de la stabilité du génome, contribuant ainsi au développement normal et pathologique à l’échelle de la cellule et de l’organisme. Il est important de noter que l'expression des lncARN est étroitement régulée et souvent perturbée dans les cancers, mettant en évidence non seulement des spécificités aux différents types de cancer, mais également une large hétérogénéité intratumorale. Toutes ces caractéristiques font des lncARN des candidats intéressants pour étudier leur rôle dans la plasticité cellulaire et la communication de cellule à cellule au cours de l'initiation, de la progression et de la réponse au traitement du cancer.
Nous visons à identifier de nouveaux lncARN associés à différents types de cancers en appliquant des approches de séquençage total de l’ARN ainsi que des analyses informatiques originales d'échantillons cliniques (cancer de la prostate, cancer du sein triple négatif). En plus du séquençage de l'ARN en masse des tumeurs solides, nous effectuons une large analyse du transcriptome des vésicules extracellulaires (EV) dérivées de l'urine et du sang pour définir les espèces d'ARN sécrétées par les tumeurs avec un rôle possible dans la communication de cellule à cellule et le remodelage du microenvironnement tumoral. Les lncARNs récemment découverts sont étudiés pour leurs partenaires protéiques et leur fonction à l'aide de divers systèmes cellulaires in vitro et outils génétiques (CRISPR, ASO, outils siRNA). En appliquant les approches ARN-FISH et CUT&RUN à molécule unique, nous visons à déchiffrer les mécanismes d'action moléculaires des lncARNs en mettant l'accent sur la reprogrammation épigénétique et transcriptomique des cellules en réponse aux altérations de leur expression.