scChIP-seq

Le single cell Chromatin ImmunoPrecipitation (scChIP) permet de cartographier les modifications d'histones à l'échelle du génome entier dans des cellules individuelles. On peut étudier comment ces marques définissent des sous-populations de cellules et ont un impact sur le phénotype et la transcription des gènes.

Pour le scChIP-seq, les cellules individuelles sont d'abord isolées dans des gouttelettes contenant du tampon de lyse et de la MNase (pour digérer la chromatine), en utilisant la plate-forme microfluidique disponible sur la plate-forme Custom Single Cell Omics. Les gouttelettes sont ensuite fusionnées à une gouttelette portant des oligonucléotides distincts pour identifier chaque cellule individuelle. Ensuite, les gouttelettes sont fusionnées et une immunoprécipitation de la chromatine est effectuée. La préparation de la banque est effectuée et le séquençage est effectué sur la plate-forme NGS. Pour plus d'informations, voir Grosselin et al 2019 (PMID : 31152164).

Pour le moment, la plateforme Custom Single Cell Omics se concentre sur deux marques d'histones : la triméthylation de H3K27 (marque répressive) et la triméthylation de H3K4 (marque permissive). D'autres marques pourraient être disponibles dans un proche avenir. Basé sur de la microfluidique en goutte à haut débit, le scChiP est adapté à des échantillons de plus 300000 cellules fraichement dissociées, pour obtenir un profil pour plus de 1000 cellules / marque épigénétique.