Analyse de données Single cell

Pour l’analyse des données single cell, la plateforme Custom Single Cell Omics collabore avec la plateforme bioinformatique dans le cadre de l’Initiative Single Cell. Un poste de bioinformaticien est partagé entre les deux équipes pour une intégration parfaite des activités.

Des pipelines bioinformatiques ont été développés aussi bien pour le Smart-seq3 que pour le scChIP-seq. Ils permettent de vérifier la qualité des données, et de fournir une analyse de premier niveau. Ces pipelines bioinformatiques sont exécutés automatiquement lorsque les données sont collectées à partir de la plate-forme de séquençage, fournissant les résultats en quelques heures. De plus, tous ces pipelines sont partagés (https://gitlab.curie.fr/sc-platform) et sont disponibles pour tous les collaborateurs au sein (et souvent en dehors) de l'institut. Ils sont tous développés selon les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable), sont documentés et conditionnés pour faciliter leur utilisation. Les métriques clés des expériences sont ensuite résumés dans un rapport compréhensif.