CurieCoreTech - Bioinformatique (CUBIC)

Activité

La Plateforme de Bioinformatique de l’Institut Curie est composée de 20 bioinformaticiens, biostatisticiens et ingénieurs logiciels, qui offrent une expertise multidisciplinaire et  apportent un support aux plateformes biotechnologiques de Curie Core Tech, ainsi qu’aux unités de recherche et à hôpital dans leurs activités quotidiennes. Nos compétences portent sur la gestion et l’analyse de données, le développement logiciels et le calcul scientifique. Nous avons cinq missions principales : (1) intégration de données et connaissances, (2) support collaboratif aux biologistes et cliniciens pour l’analyse bioinformatiques et biostatistiques de données, (4) support au calcul scientifique et (5) coordination des activités bioinformatiques au sein de l’Institut Curie.

Objectifs

• Analyses bioinformatiques et biostatistiques de données omiques et cliniques obtenues à partir de technologies haut débit telles que le séquençage haut-débit, les approches en cellules uniques, la spectrométrie de masse ou le phénotypage cellulaire.
• Développement, maintenance et lancement de pipelines bioinformatiques pour le traitement des données issues des plateformes biotechnologiques, incluant les contrôles qualité et un premier niveau d’analyse.
• Mise en place d’un système d’information pour le partage de données et de connaissances, la requête de données, la visualisation et l’analyse de données biomédicales.
• Support au programme de médecine de précision et génération de rapports cliniques en temps réel pour les médecins et biologistes dans le cadre des essais cliniques. Gestion de la gestion de la routine diagnostique de l’Hôpital.
• Recherche et développement de nouvelles méthodes biostatistiques et d’outils bioinformatiques
• Support au calcul scientifique, optimisation des pipelines bioinformatiques

Réseau

La Plateforme de Bioinformatique de l’Institut Curie a collaboré avec la majorité des unités et départements du centre de recherche et de l’hôpital de l’institut Curie. Ces dernières années, la Plateforme de Bioinformatique a également développé des partenariats en France et à l’étranger (Institut Pasteur, Gustave Roussy, Mines ParisTech, INSERM, CNRS, APHP, Cancéropole, Barcelona Supercomputing Center, …) et est impliquée dans de nombreuses initiatives clées nationales et internationales. Pour en nommer quelques-unes, mentionnons notre implication dans France Génomique, l’Institut Français de Bioinformatique, France Médecine Génomique 2025, l’Institut National du Cancer, RENABI, le réseau SIRIC. Nous sommes ou avons été impliqués dans plusieurs projets européens tels que ABS4NGS, FP7 MAARS, FP7 RAIDs, H2020 ImmunAID, H2020 EUCANCan, H2020 PerMedCoe...

Services

• Analyse de données bioinformatiques et biostatistiques, incluant mais non limités à la recherche clinique, l’épigénomique, l’analyse en cellule unique, la spectrometrie de masse, le phénotypage cellulaire
• Gestion de données
• Formations en bioinformatique et biostatistique
• Ingénierie logicielle, calcul scientifique, optimisation de pipeline
• Accès aux logiciels d’analyse développés en interne

Equipement

L’activité de la Plateforme repose sur une importante infrastructure informatique, gérée par l’équipe Cluster de l’Institut Curie avec un système de plusieurs Petabytes de stockage, un cluster de calcul avec plusieurs milliers de coeurs, ainsi que des postes de travail personnalisés pour chaque personne du groupe. La gestion de l’infrastructure est assurée par la Direction du Système d’Information dirigée par Philippe Rizand.

Formation

La plateforme de Bioinformatique favorise l’analyse de données autonome pour les biologistes et cliniciens aussi souvent que possible:

• Tous les outils qui sont à la portée du biologiste/clinicien sont proposés via des interfaces Web pour permettre une utilisation directe par des non-spécialistes
• Des sessions de formation sont organisées en collaboration avec d’autres bioinformaticiens aussi bien au sein de l’Institut Curie que pour un plus large public, couvrant de nombreuses thématiques telles que les bonnes pratiques de développement, les statistiques, l’analyse de réseau biologique ou l’analyse de données.
• Une activité de conseil est offerte aux personnes qui souhaitent être accompagnées dans les analyses bioinformatiques et biostatistiques qu’ils exécutent par eux-mêmes.