Epidémiologie génétique des cancers

Les projets développés par l’Équipe Épidémiologie Génétique des Cancers (EGC) ont pour objectif de caractériser les variants génétiques impliqués dans les cancers familiaux en tenant compte des effets d’autres facteurs, qu’ils soient génétiques ou non génétiques. Outre les variants impliqués dans un mode de transmission monogénique, les variants impliqués dans des modes de transmission polygéniques sont également étudiés, ainsi que leurs interactions avec des facteurs liés au mode de vie ou aux expositions environnementales. Les résultats de cette recherche permettront in fine l’amélioration des modèles de prédiction et donc une estimation plus précise des risques individuels permettant de proposer des stratégies de dépistage, de suivi et de prévention personnalisées.

Les populations étudiées sont soit à haut risque de cancers, comme par exemple les familles présentant un syndrome héréditaire de cancer du sein et de l’ovaire (syndrome HBOC), soit des populations ayant un risque de cancer a priori identique à celui de la population dite « générale»  comme par exemple pour l’étude des cancers différenciés de la thyroïde, des cancers du tube digestif ou du mélanome.

Les recherches en cours menées dans les familles HBOC se concentrent sur les variants délétères ou prédits comme délétères dans les gènes associés à un risque élevé à modéré de cancer tels que BRCA1, BRCA2, PALB2, CHEK2 et ATM, ainsi que sur les variants identifiés dans d’autres gènes généralement inclus dans les panels multi-gènes HBOC et pour lesquels l’utilité clinique des tests génétiques doit être évaluée. Un autre objectif de l’équipe EGC est d’identifier de nouveaux facteurs génétiques constitutionnels chez les femmes sans variant pathogène identifié dans les gènes connus de prédisposition au cancer du sein.

EGC utilise des approches multidisciplinaires (épidémiologie, génétique moléculaire, biostatistique, bioinformatique) pour intégrer les données génétiques, épidémiologiques, cliniques et ‘omiques‘ obtenues par génotypage et séquençage à haut débit, ainsi que les caractéristiques anatomo-pathologiques des tumeurs pour répondre à ces questions de recherche.

EGC est dotée d’une Plateforme d’Investigation en Génétique et en Épidémiologie (PIGE) qui coordonne le recueil et la centralisation des données épidémiologiques, familiales et cliniques des études nationales, qui sont indispensables pour atteindre les objectifs scientifiques de l’équipe. La PIGE participe à l’élaboration des protocoles (stratégie d’étude, calculs de puissance, logistique…), prend en charge les processus administratifs et juridiques liés aux études, organise la logistique, édite les divers documents (notice d’information et formulaires de consentement éclairé, questionnaires…) et développe et alimente les bases de données pour chaque étude. La PIGE est notamment en charge du recueil et de la gestion des données de GENESIS (étude sur les paires de sœurs atteintes de cancer du sein et sans mutation de BRCA1 et BRCA2), CoF-AT2 (cohorte prospective de familles ségrégeant une mutation ATM , qu’il s’agisse de familles de patients atteints d’ataxie-télangiectasie ou de familles prédisposées au cancer) et TUMOSPEC (étude familiale nationale dont l’objectif est d’évaluer les risques de cancer dans les familles ségrégeant un variant délétère ou probablement délétère identifié dans les tests multi-gènes HBOC et de déterminer le spectre tumoral associé à ces variants).

Les projets développés faisant appel à différentes techniques de génomique pour caractériser les variants constitutionnels ou décrire les caractéristiques tumorales des porteurs d’une mutation, l’équipe EGC est également dotée d’une activité « wet lab » qui permet entre autres la gestion des échantillons biologiques des études GENESIS, CoF-AT2 et de l’étude nationale
GEMO, qui s’intéresse aux facteurs modificateurs du risque tumoral chez les porteurs d’une mutation BRCA1/2.

EGC collabore avec de nombreuses autres équipes internationales et participent notamment aux recherches menées dans le cadre des consortiums CIMBA (Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2), BCAC (Breast Cancer Association Consortium), IBCCS (International BRCA1/2 Carriers Study), ENIGMA (Evidenced-based for the Interpretation of Germline Mutant Alleles ) et EPITHYR ( EPIdemiology of THYroid cancers).