Cancers du sein : les altérations génétiques presque toutes identifiées
C’est une première : le séquençage du génome entier de 560 tumeurs du sein est désormais disponible. Réalisé par le consortium international de génomique du cancer créé en 2008 (ICGC), il révèle que les tumeurs du sein présentent un éventail de mutations de moins de 100 gènes différents, ouvrant la voie vers de nouvelles approches de traitements personnalisés.
Activités de laboratoire de recherche
Parce que l’histoire moléculaire de chaque tumeur est différente, il est de première importance de rechercher les altérations qui favorisent la croissance tumorale, mais constituent aussi des signatures spécifiques importantes pour le suivi du patient.
Les premiers résultats issus du séquençage du génome entier de 560 tumeurs du sein par ce consortium ICGC ont été publiés le 2 Mai dans la revue Nature. Il s’agit du plus grand nombre d’échantillons de cancers jamais séquencés entièrement. « 134 de ces prélèvements viennent de tumorothèques françaises, dont celle du centre de ressources biologiques de l’Institut Curie » précise le Dr Anne Vincent-Salomon, responsable du Pôle pathologie, génétique, immunologie qui participe depuis 8 ans à cette collaboration internationale codirigées par Gilles Thomas (Fondation Synergie Lyon Cancer, France) et Michael Stratton (Welcome Trust, Sanger Institute, UK), en partie financée par l’Institut National du Cancer (INCa).
Pour la première fois, tout le génome a été séquencé, y compris les régions qui ne codent pour une protéine ; ce qui représentent la majeure partie du génome. C’est en effet à l’heure actuelle, la seule méthode permettant de détecter les altérations à grande échelle ou celles touchant les régions non-codantes, qui, peuvent participer à l’oncogenèse mammaire. Ces recherches ont abouti à l’identification d'un catalogue de plus de 1600 altérations suspectées d'être à l'origine du développement tumoral. Ces altérations portent sur 93 gènes différents et 95 % des tumeurs en présente au moins une. Dix gènes parmi ces 93 sont altérés de manière récurrente (dans 62 % des tumeurs).
En résumé, les tumeurs du sein ont un génome très profondément remanié et présentent une extraordinaire diversité d'altérations génomiques.
En plus des 5 nouveaux gènes associés au développement des cancers du sein, 13 signatures qui influençant le développement tumoral ont pu être mises en évidence. Ces signatures identifient différents types de combinaisons d’altérations génomiques. Certaines patientes présentent des signatures génomiques semblables à celui des patientes porteuses de la mutation héréditaire de BRCA1/2. Cette observation pourrait constituer une piste pour proposer aux patientes des traitements déjà utilisés chez les patientes présentant des mutations héréditaires des gènes BRCA1/2, tels que les inhibiteurs de PARP ou les sels de platine.
Au niveau national, sous l’impulsion du Pr Gilles Thomas, coordinateur du programme pour l’INCa, décédé le 23 Février 2014, ce programme a mobilisé, 12 centres de soins en France(1). La quantité importante de données générée au cours de ce projet sont toutes mises à disposition de la communauté scientifique sur le portail ICGC, et permettront à termes de répondre à d’autres questions sur la biologie et la génomique des cancers du sein.
En savoir plus
Landscape of somatic mutations in 560 breast cancer whole genome sequencesis
Nik-Zainal S et al.
Nature 2016 published on 2 May doi: 10.1038/nature17676
(1) liste des établissements hospitaliers participants et autres partenaires :
Institut Curie, Paris ; Centre Léon Bérard, Lyon ; Institut Bergonié, Bordeaux ; Georges-François Leclerc, Dijon ; Institut Paoli-Calmettes, Marseille ; Gustave Roussy, Villejuif ; Centre Jean Perrin, Clermont-Ferrand ; ICM Institut Régional du Cancer, Montpellier ; Centre Alexis Vautrin, Nancy ; Centre Antoine Lacassagne, Nice ; Clinique Mutualiste de Bellevue, Saint-Etienne ; CHU de Besançon, Besançon ; Synergie Lyon Cancer, Lyon ; CEPH-Fondation Jean Dausset, Paris ; Institut National du Cancer, Boulogne-Billanco