Ingénieur en Bioinformatique (H/F)

Laboratoire

L’équipe « Réparation, Radiation et Thérapies Innovantes contre le Cancer » (U1021/UMR3347/Université Paris-Saclay) étudie les altérations aux niveaux cellulaire et moléculaire induites par la radiothérapie au niveau pulmonaire (Curras-Alonso et al., Nature Communications 2023). En utilisant des analyses en cellule unique (scRNAseq, transcriptomique spatiale), les projets en cours visent à identifier les mécanismes clés permettant de comprendre les effets de la radiothérapie sur les tissus sains et tumoraux. Pour atteindre ces objectifs, l’équipe recherche un bio-informaticien / biologiste computationnel chargé de piloter l’ensemble des analyses bioinformatiques et l’intégration des différents jeux de données (scRNAseq, transcriptomique spatiale, lipidomique). Ce poste bénéficiera de l’expertise du laboratoire à travers des interactions étroites avec les biologistes de l’équipe et des partenaires externes.

Missions

·        Traitement des données et développement de pipelines : concevoir, implémenter et maintenir des pipelines robustes pour l’analyse scRNA-seq et spatiale, incluant le contrôle qualité des données, la normalisation et la correction des effets de batch.

·        Analyse scRNASeq et transcriptomique spatiale : réaliser le clustering, l’annotation des types cellulaires, l’inférence de trajectoires et l’analyse des communications intercellulaires.

·        Intégration des données : appliquer des approches statistiques et de machine learning pour intégrer les données unicellulaires et spatiales, afin d’identifier les signatures moléculaires et les voies impliquées dans les effets induits par la radiothérapie.

·        Collaboration : travailler en étroite interaction avec les radiobiologistes et collaborer avec des partenaires internationaux dans le cadre de projets interdisciplinaires.

·        Communication scientifique : présenter les résultats lors de réunions d’équipe, séminaires et conférences internationales, ainsi que contribuer à la rédaction de manuscrits et de demandes de financement.