Ingénieur.e d’étude en bioinformatique et génomique (H/F)

Laboratoire :

Ce poste est à pourvoir au sein de l'équipe junior de Marianne Burbage « Tolérance et immunité antitumorale » dans l'unité Inserm U932 « Immunité et Cancer » (https://institut-curie.org/team/burbage). Cette unité regroupe 11 équipes indépendantes qui mènent des recherches en immunologie fondamentale et appliquée, dans un environnement collaboratif et international.

Missions

L'équipe de Marianne Burbage étudie les contributions du génome « sombre » ou « silencieux » au transcriptome dans l'homéostasie et le cancer, et développe des approches pour interférer avec le mécanisme d'épissage en place dans les cellules tumorales. Elle s'intéresse particulièrement aux processus régissant l'inclusion d'éléments transposables dans les transcrits spécifiques des tumeurs. Certains d'entre eux constituent des neoantigènes très intéressants à cibler dans le cadre de protocoles d'immunothérapie ou de vaccination anticancéreuse.

Le/La candidat(e) sélectionné(e) travaillera sur un projet en phase avec les développements récents et visant à renforcer l'interface entre l'immunologie, la bioinformatique et la régulation de l'expression génique dans un contexte physiologique et tumoral.

Les analyses d'ensembles de données génomiques et transcriptomiques (publics et internes à Curie, notamment de type RNA-seq, ChIP-Seq et CLIP-seq) seront réalisées à l'aide de pipelines dédiés capables de détecter les éléments répétitifs et les sites d’épissages alternatifs, en combinant l’utilisation d’un cluster de calcul haute performance, de R et de Python. Le/La candidat(e) sélectionné(e) bénéficiera d’interactions fortes avec les équipes de l’unité Inserm U932 « Immunité et cancer » et avec le pôle bioinformatique de l’Institut Curie.