Ingénieur(e) en bioinformatique (F/H)

Laboratoire - Service

L’équipe Integrative Functional Genomics of Cancer (U1330, Institut Curie) se consacre exclusivement à l’analyse bioinformatique et computationnelle des interactions entre tumeurs et système immunitaire. En mobilisant des approches de génomique à grande échelle et des technologies de cellule unique (scRNA-seq, scATAC-seq, scTCR-seq), elle explore l’infiltrat immunitaire, identifie de nouveaux antigènes tumoraux et étudie les mécanismes non génétiques de l’immunogénicité, notamment dans les cancers pédiatriques et les sarcomes. L’équipe s’appuie sur l’intégration de données issues de patients, de modèles expérimentaux et de grandes bases publiques (TCGA, GTEx, TARGET, ICGC), avec l’objectif de produire des analyses à fort impact translationnel et clinique, sans activité de laboratoire expérimental.

Missions 

Vous optimiserez les pipelines pour l'analyse du profilage NGS des tumeurs et contribuerez à l’élaboration de la construction d’une plateforme web visant à mettre à disposition de la communauté scientifique et industrielle un outil de recherche de séquences transcriptomiques non conventionelles, sur la base de technologies développées au sein du laboratoire. Dans le cadre de ces projets vous serez amené·e à :

-        Optimiser les pipelines pour des séquençage complet de l’exome et des séquençages ARN issus d’échantillons tumoraux provenant de l'hôpital Curie.

-        Développer, entretenir et améliorer la chaîne logicielle afférente à la plateforme web (pipelines snakemake, scripts python) ; répondre aux besoins et retours formulés par les utilisateurs de la plateforme. Déployer la chaîne logicielle sur les nœuds de cluster dédiés à la plateforme.

-        Entretenir et améliorer les outils logiciels afférents à la recherche de séquences transcriptomiques, utilisés par l’équipe.

-        Mettre à jour les éléments nécessaires sur le site de la plateforme ; faire le lien avec le prestataire responsable de l’application web ; éventuellement réaliser quelques correctif mineurs (pas d’expérience attendue en développement webdev).

-        Élaborer et mettre en œuvre, en lien avec les directions compétentes, une stratégie visant à développer et élargir la communauté des utilisateurs de la plateforme web.