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CDD
Paris

Ingénieur·e en transcriptomique spatiale (H/F)

  • Centre de Recherche

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L'Institut Curie est un acteur de la recherche et de la lutte contre le cancer. Il est constitué d'un hôpital et d'un Centre de recherche de plus de 1000 collaborateurs avec une représentativité internationale.

L’objectif du Centre de recherche de l’institut Curie est de développer la recherche et d’utiliser les connaissances produites pour améliorer le diagnostic, le pronostic, la thérapeutique des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche et l’innovation au service du malade.

Vous participerez au développement de pipelines informatiques pour l’analyse de transcriptomique spatiale (Visium HD) visant à caractériser le microenvironnement tumoral selon l’âge, la réponse aux traitements et la progression du cancer. Un accent particulier sera mis sur les sous-populations de CAF et leurs interactions avec les cellules tumorales, immunitaires et endothéliales.

Vos missions :

  • Concevoir, tester et implémenter des outils pour l’analyse transcriptomique spatiale

  • Traiter et analyser des données spatiales et d’imagerie multidimensionnelle (assemblage, segmentation, quantification, regroupement cellulaire).

  • Collaborer avec les chercheurs pour concevoir et appliquer des algorithmes de traitement d’image sur des jeux de données de microscopie haute résolution.

  • Valider et optimiser les pipelines informatiques pour l’intégration de données à grande échelle.

  • Former les utilisateurs et fournir des tutoriels.

    • Générer des résultats, rapports et figures pour publications

    • Respecter les bonnes pratiques de l’Infrastructure Bioinformatique de l’Institut Curie (« Bioinformatic Cluster »))

  • Master ou doctorat en biologie computationnelle, bioinformatique ou domaine connexe

  • Maîtrise des langages de programmation tels que Python et R

  • Bonnes connaissances en statistiques et en apprentissage automatique (une expérience en intelligence artificielle/apprentissage profond est un plus)

  • Fort intérêt pour la biologie, l’oncologie et/ou l’immunologie

  • Une expérience préalable en analyse de données de RNA-seq unicellulaire et/ou de transcriptomique spatiale est un atout

  • Capacité à communiquer des résultats scientifiques de manière claire et pédagogique

  • Bonne connaissance des environnements de calcul haute performance (high-performance computing, HPC). 

  • Excellentes compétences en communication interpersonnelle, travail en équipe et organisation

  • Capacité d’auto-apprentissage et approche orientée résolution de problèmes

  • Flexibilité et sens de l’organisation permettant de mener plusieurs projets en parallèle

  • Maîtrise de l’anglais, à l’écrit comme à l’oral

    Toutes nos opportunités sont ouvertes aux personnes en situation de handicap.

    Informations complémentaires 

  • Lieu : Flexible entre Institut Curie, rue d’Ulm, 75005 Paris, et possibilité de télétravail. 

  • Contrat : Poste à durée déterminée de 18 mois, avec possibilité de prolongation de 18 mois en fonction des performances. 

  • Date de début : dès que possible. 

  • Temps de travail : temps plein. 

  • Rémunération : selon les grilles en vigueur. 

  • Avantages : restauration d’entreprise, remboursement à 70 % des frais de transport, mutuelle complémentaire. 

 

Candidature

Les personnes intéressées sont invitées à envoyer leur CV, une lettre de motivation ainsi que les coordonnées de références.

L'Institut Curie est un employeur inclusif et égalitaire et applique des normes strictes en matière d'intégrité de la recherche. 

https://euraxess.ec.europa.eu/sites/default/files/brochures/eur_21620_en-fr.pdf