Plateforme de Pathologie Expérimentale (PATHEX)

Alizée Lacroix
24/01/2020
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La plateforme de Pathologie Expérimentale PATHEX de l'Institut Curie effectue des analyses tissulaires pour les projets de la Recherche Fondamentale et Translationnelle.
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La Pathologie Expérimentale au cœur de la Recherche à l’Institut Curie

La Pathologie est la spécialité médicale consacrée à l'analyse morphologique des lésions cellulaires et tissulaires à visées diagnostique, pronostique, prédictive et théranostique.

La Pathologie Expérimentale est le domaine de la Pathologie dédié à l’investigation des mécanismes biologiques et physiques à l’origine des syndromes et des maladies.

Une plateforme de Pathologie Expérimentale intégrée au Pôle de Médecine Diagnostique et Théranostique de l’Institut Curie

La plateforme PATHEX créée en 2010 est une unité spécialisée en histopathologie humaine et animale qui est intégrée au PMDT, Pôle de Médecine Diagnostique et Théranostique, réunissant les départements de Pathologie, Génétique, Immunologie et Hémobiologie de l'Ensemble Hospitalier.

La force du PMDT réside  dans la synergie des expertises des différents départements, et dans ses liens étroits avec le Centre de Recherche pour chaque spécialité phare de l’Hôpital (Sénologie, Ophtalmologie, Pédiatrie, Gynécologie, Sarcomes des tissus mous).

Le haut niveau d’équipement technologique de la plateforme PATHEX, les collections tissulaires de l’IC et l’expertise du groupe des pathologistes d’organes du PMDT sont les garants de prestations maitrisées et nous permettent de répondre de façon rapide, fiable et efficace aux demandes des partenaires institutionnels et industriels biopharmaceutiques.

Les acteurs de la Plateforme PATHEX

Responsables : Anne Vincent-Salomon MD, PhD (cheffe de Pôle), Didier Meseure MD, PhD (responsable médical) et André Nicolas, Ingénieur (responsable de la gestion technique et logistique).

Coordinateurs médico-scientifiques : Sergio Roman-Roman, PharmD, PhD (chef du Département de la Recherche Translationnelle et directeur du SIRIC2; Pr Yves Allory, MD PhD, chef de service Foch/St Cloud).

Personnel permanent : Un pathologiste coordonnateur (Didier Meseure), un ingénieur manageur (André Nicolas), trois ingénieurs d’étude [Renaud Leclere, Laetitia Lesage et Gabriel Champenois), une ingénieure d’étude dédiée aux partenariats institutionnels (Mallory Brousse), une ingénieure en analyse d'images/Data scientist (Faezeh Moazami) et une technicienne (Candice Lainé).

Interprétation des résultats : pathologiste de la plateforme ou pathologistes référents quand une expertise spécifique est requise (pathologie pédiatrique, pathologie du sarcome des tissus mous, pathologie gynécologique).

La plateforme PATHEX effectue des analyses tissulaires pour les projets de recherche en Cancérologie.

En conformité avec les bonnes pratiques de laboratoire (BPL),  nous réalisons des projets à façon et validons des protocoles basés sur des techniques standards et innovantes : IHC multiplexée, RNA et DNA FISH, et en partenariat technologies NGS in situ : RNAseq et Nanostring in situ, Immunomicroscopie par Spectrométrie de Masse.

 

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Techniques disponibles

Pathologie Expérimentale

  • Préparation de blocs cellulaires, de blocs multi-tissulaires TMA et de coupes histologiques
  • Macrodissection et coupes épaisses, microdissection
  • Immunomarquages sur coupes en paraffine et congelées
  • Hybridation : DNA-FISH et RNA FISH (RNAscope)
  • Analyse spatiale des tumeurs par IHC chromogénique et fluorescente
  • Analyse quantitative d’image
  • Réalisation de panels d'anticorps à façon
  • Immunoligation (PLA, proximity ligation assay)
  • NGS in situ en partenariat: DSP (technologie Nanostring in situ) et Hypérion (Immunomicroscopie par spectrométrie de masse)

Pathologie Numérique

  • Numérisation d'échantillons histologiques
  • Analyse d'images normalisées
  • Mise en place d'une banque de lames virtuelles
  • Production d'images haute définition: JPEG, PNG, TIF, BIGTIF, SVS

Nous poursuivons un programme permanent de développement technologique de haut niveau  permettant de proposer des méthodes innovantes d’analyse tissulaire spatiale quantitative multiparamétrique couplées à des plateformes d'Intelligence Artificielle (InForm et HALO). 

 

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Equipements disponibles

  • 2 TMA arrayer
  • 2 automates d'immunohistochimie Leica BOND RX
  • 1 plateforme d’imagerie multispectrale quantitative VECTRA PerkinElmer
  • 1 plate-forme d'analyse d'image HALO Indica Labs
  • 2 Scanners Philips UFS
  • Logiciels d'analyse avec IA (FIJI/ImageJ, Inform/PerkinElmer, Tissue Studio/ Definiens).
  • 1 Microdissecteur Leica
  • 3 Microscopes optiques et 1 microscope optique multitête
  • 1 automate d’imprégnation HistoCore Leica PEARL et 1 Cryostat
  • 2 microtomes et 1 station d'inclusion Valida MEDIT

 

Pour chaque projet, notre équipe identifie les besoins spécifiques de manière à définir la méthodologie et le workflow les mieux adaptés à l’étude. L’évaluation de la satisfaction de nos clients est un point essentiel de notre démarche qualité. Elle nous permet d’améliorer l’efficacité de nos services et d’optimiser nos  futurs choix technologiques.

  • La demande de projet s’accompagne d’un envoi d’une fiche de demande.
  • Le suivi du projet s’effectue par messagerie « pathex@curie.fr » avec échangesréguliers et au terme de chaque étape finalisée.
  • Réunion kick off avec exposé du projet, discussion de sa faisabilité, évaluation du timing, de la méthodologie et des étapes.
  • Envoi d’un devis par la plateforme et signature d’un accord de principe par le responsable de l’équipe de recherche.
  • Réunion de mi-parcours avec présentation des premiers résultats et discussion d’éventuelles modifications dans la méthodologie et les cibles à analyser.
  • Réunion de fin de projet avec présentation et discussion de l’ensemble des résultats.
  • Envoi d’un rapport final.
  • Envoi d’un questionnaire qualité.

 

Notre expertise se déploie dans des domaines variés de la Cancérologie

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  • Biomarqueurs innovants pronostiques, prédictifs et théranostiques.
  • Immuno-oncologie et microenvironnement
  • Cellules souches cancéreuses
  • Biomarqueurs épigénétiques et ARNs non codants
  • Biophysique et mécanobiologie des cancers
  • Nouveaux vecteurs thérapeutiques : Nanobodies, cellules CAR-T

 

Chiffres clés depuis 2013

2
automates d'immunohistochimie Recherche LEICA BOND RX
1
plateforme d’Immunohistochimie spatiale multiplexée VECTRA PerkinElmer
2
plateformes de gestion projets et d’analyse quantitative d’images (Inform, HALO)
74
publications et communications orale/affichées
74 000
lames numérisées
42 000
lames d’IHC
449
projets
21 000
blocs

Collaborations

Depuis sa création, la plateforme PATHEX est engagée dans une stratégie de collaboration avec de nombreux acteurs de la recherche institutionnelle et biopharmaceutique. 

  • Institutionnelle : CNRS, Inserm, Cancéropôle d'Île-de-France, Institut Mutualiste Montsouris, Collège de France, Assistance Publique Hôpitaux de Paris, CEA et Génethon.
  • Industrie Biopharmaceutique : Sanofi, Ipsen, Servier, Roche, Pierre Fabre, Endodiag, CrownBio, Indivumed, XenTech, GamaMabs Pharma, Nanobiotix, Celyad, Glycovax Pharma OGD2 Pharma, Vasculox, ElsaLys Biotech.

Contacts

·         Adresse : 26 rue d'Ulm, 75248 Paris cedex 05 – France, Tél : +33 (0)1 56 24 55 00

·         Mails : didier.meseure@curie.fr / andre.nicolas@curie.fr

Pour aller plus loin