Prédispositions aux cancers du sein et de l’ovaire : gros plan sur l’interprétation

Cela peut apparaître paradoxal : à l’heure du séquençage très haut débit qui permet de séquencer rapidement un grand nombre de gènes chez un grand nombre de personnes, il n’y a jamais eu autant d’identifications de variants géniques dont la signification biologique, et par là clinique, est inconnue. Comprendre ce que signifient ces variants serait très utile pour le patient. C’est un enjeu majeur de la génétique médicale. Les résultats de deux études du Service de génétique de l’Ensemble hospitalier, menées sur des variants des gènes de prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire BRCA1 et BRCA2, font avancer la problématique de la classification.

Afin de classer certains variants de signification inconnue (VSI) des gènes de prédisposition aux cancers du sein et/ou de l’ovaire BRCA1 ou BRCA2, le Service de génétique (Pôle d’anatomo-pathologie de l’Ensemble hospitalier), dirigé par la Pr Dominique Stoppa-Lyonnet, a réalisé deux études. « L’une a examiné les modifications fonctionnelles induites par le changement d’acide aminé de BRCA1, nous explique Sandrine Caputo, ingénieure biologiste (PhD). L’autre a porté sur un groupe spécifique de variants du gène BRCA2 et a combiné tests fonctionnels et analyses familiales. »

Habituellement, les outils de classification des variants en « pathogène » ou « neutre » se basent sur la conservation d’un nucléotide (élément unitaire d’un gène) ou d’un acide aminé (élément unitaire de la protéine correspondante) à travers l’évolution des espèces, le changement physico-chimique d’un acide aminé substitué par un autre, la fréquence élevée du variant dans le groupe des cas par rapport à celui des témoins. Mais ces constatations sont souvent insuffisantes pour en tirer des conclusions.

A partir de la base de données nationale des variants BRCA1 et en collaboration avec le CEA-Saclay et Gustave Roussy, l’équipe a développé différents tests fonctionnels cellulaires afin de :

• mesurer la capacité des VSI à réparer les cassures d’ADN par recombinaison homologue,
• tester leurs capacités à se relocaliser dans le noyau après ajout d’agent alkylant,
• mesurer la thermostabilité de certains domaines de BRCA1 portant ces VSI (domaines BRCT),
• et étudier leurs interactions à un large panel de peptides phosphorylés provenant de différents partenaires de BRCA1 (ACC1, BACH1, CtiP et Abraxas).

Ces tests décrits dans la première étude, combinant toutes les techniques, ont permis de classer un certain nombre de ces variants comme probablement pathogènes et d’autres comme probablement neutres.

Pour la seconde étude multicentrique, l’objectif de l’équipe était de classer des VSI du gène BRCA2 pouvant conduire à une délétion partielle en phase de la protéine BRCA2, en l’occurrence la partie codée par l’exon 3.

Nous avons d’une part, réalisé des tests fonctionnels qui ont examiné la stabilité de la protéine BRCA2 délétée en collaboration notamment avec Dr Aura Carreira de l’Institut Curie et d’autre part examiné l’association dans les familles de la présence ou non du variant et le diagnostic de cancers du sein et/ou de l’ovaire (études de co-ségrégation).

Sandrine Caputo, première-auteure de l’étude

Trente-neuf familles, soit 293 patients ont été testés en France, au Portugal, en Suède et au Danemark.

Nous avons pu conclure que tous les variants entrainant la délétion complète de l’exon 3 de BRCA2 étaient pathogènes et donc associés à un risque élevé de cancer du sein et de l’ovaire. 

Soutenues par l’Institut national du cancer (Inca), ces deux études reposent sur la contribution des consultations de génétique et des laboratoires français réunis, à travers l’étude COVAR, dans le Groupe Génétique et Cancer sous l’égide d’Unicancer. Elles illustrent l’importance des travaux collaboratifs et la nécessité de la participation des patients et de leur famille.

Sources

• Combining Homologous Recombination and Phosphopeptide-binding Data to predict the impact of BRCA1 BRCT variants on cancer risk. Molecular Cancer Research (27 septembre 2018)
• Full in-frame exon 3 skipping of BRCA2 confers high risk of breast and/or ovarian cancer. Oncotarget (3 avril 2018)
• Présentation de l’étude COVAR