Génomique fonctionnelle intégrative du cancer

Notre équipe s'intéresse à la manière dont la (dé)régulation de la transcription contribue aux interactions dynamiques entre les tumeurs et le système immunitaire. Nous nous concentrons sur le développement de nouvelles technologies à l'échelle du génome et d'approches computationnelles en étroite collaboration avec des collègues en biologie de la chromatine, en immunologie et en clinique. Notre approche principale est "bedside-to-bench" : profilage de patients présentant des phénotypes cliniques uniques tels que des diagnostics rares, des prédispositions familiales, une réponse thérapeutique exceptionnelle ou des comorbidités inhabituelles. Les activités actuelles sont particulièrement axées sur l'intégration d'approches multi-omiques de cellule unique ainsi que sur l'identification de nouveaux antigènes tumoraux, avec une priorité pour les projets ayant un impact clinique et translationnel direct.

Projets phares:

Engagement et plasticité du destin des cellules immunitaires dans le microenvironnement tumoral

Nous nous intéressons particulièrement à la caractérisation directe des populations de cellules immunitaires infiltrantes, en particulier les cellules T, dans les cancers. Nous intégrons scRNA-seq, scATAC-seq, et scTCR-seq pour identifier les clones spécifiques aux tumeurs, leurs phénotypes d'expression, et les éléments cis-régulateurs entraînant l'expression différentielle. Nous utilisons des modèles de souris immunocompétentes ainsi que des biopsies et des résections chirurgicales de patients atteints de différents types de tumeurs.

Mécanismes non génétiques de l'immunogénicité des tumeurs

La charge de mutation somatique joue clairement un rôle dans la reconnaissance immunitaire de nombreux types de tumeurs, notamment le mélanome cutané, le cancer du poumon non à petites cellules et les tumeurs présentant des déficiences de réparation des mésappariements. Pour mieux comprendre les mécanismes non génétiques de l'immunogénicité, nous étudions l'infiltration de plusieurs types de tumeurs faiblement mutées, principalement des cancers pédiatriques. En parallèle, nous analysons également de grands ensembles de données publiques provenant de projets tels que TCGA, GTEx, TARGET et ICGC afin d'identifier des transcriptions récurrentes mais spécifiques aux tumeurs qui pourraient être source de nouveaux antigènes tumoraux.

La dé-répression des éléments transposables dans le cancer

Les éléments transposables tels que les rétrovirus endogènes sont généralement étouffés par les voies de l'hétérochromatine dans les tissus somatiques. Nous étudions les corrélats génomiques des éléments transposables dé-réprimés dans divers types de tumeurs et les mécanismes par lesquels ils stimulent les voies immunitaires innées et adaptatives.

Profilage des sarcomes

Les sarcomes constituent une collection hétérogène de cancers rares issus de lignées de cellules mésenchymateuses. L'Institut Curie est un centre de référence majeur pour l'étude et le traitement de ces tumeurs. Nous utilisons l'ADN en masse, l'ARN, le profilage de la méthylation de l'ADN et les technologies de cellules uniques pour caractériser la diversité de ces tumeurs, en particulier en ce qui concerne les sous-ensembles qui présentent une infiltration immunitaire importante.