Analyse de données

Analyse des données Single Cell

La plateforme bioinformatique fait partie intégrante de l’Initiative Single Cell, où elle a plusieurs missions :

 

Contrôle qualité et analyse de premier niveau

Pour chaque application single cell, notre équipe de bioinformaticiens conçoit des pipelines bioinformatiques dédiés afin de vérifier la qualité des données, et de fournir une analyse de premier niveau. Les contrôles qualité sont mis en place en étroite collaboration avec les plateformes de Custom Single Cell Omics et de séquençage, afin de mettre en évidence les métriques clés des expériences, et sont ensuite résumés dans un rapport compréhensif.

Ces pipelines bioinformatiques sont exécutés automatiquement lorsque les données sont collectées à partir de la plate-forme de séquençage, fournissant les résultats en quelques heures. De plus, tous ces pipelines sont partagés (https://gitlab.curie.fr/sc-platform) et sont disponibles pour tous les collaborateurs au sein (et souvent en dehors) de l'institut. Ils sont tous développés selon les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable), sont documentés et conditionnés pour faciliter leur utilisation.

 

Conception d'expériences et analyse avancée

En plus des contrôles de qualité standard et des analyses de premier niveau, la plateforme bioinformatique peut suivre votre projet à toutes les étapes du processus. Avant de commencer l'expérience, nous serons heureux de discuter avec vous de votre plan d'expérimentation afin d'être sûr que vous serez en mesure de répondre (statistiquement) à vos questions biologiques. En cas de besoin, la plateforme de bioinformatique peut également prendre en charge l'analyse en aval de votre projet en dédiant un bioinformaticien à votre projet pour une durée déterminée. De la même manière, les co-tutelles sont les bienvenues entre la plateforme et les équipes de recherche afin de partager l'expertise et les connaissances sur le terrain.

 

Formation et networking

Enfin, la plateforme de bioinformatique est impliquée dans plusieurs réseaux dédiés à l'analyse de données single cell, couvrant de nombreux aspects différents du domaine, du traitement des données aux méthodes statistiques avancées. A titre d'exemple, nous faisons partie du groupe de travail sinCellTE qui organise chaque année un atelier monocellulaire dédié aux bioinformaticiens et analystes du domaine.