Portrait - Amel Yahou, développeuse informatique en data

Anne Coppola
23/01/2019
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Développer des programmes pour structurer et organiser les données de santé, c’est le job d’Amel Yahou. Elle participe aussi à une plus large réflexion autour du partage et de la traçabilité des données conservées à l’Institut Curie.
Amel Yahou

Après une licence en biochimie, Amel Yahou poursuit ses études par un master en bio-informatique. Elle effectue alors des stages dans des laboratoires de recherche en biochimie, en biologie du développement ou encore en recherche fondamentale. C’est à l’Institut Curie, qu’elle connait sa première expérience professionnelle :

Je voulais m’orienter vers un poste plus concret, proche des utilisateurs, tout en restant dans le domaine de la biologie et de la santé. J’étais aussi très motivée à l’idée de travailler dans le domaine du cancer en particulier, c’est enrichissant. D’autant plus au sein d’une équipe qui allie autant de profils. Chacun apporte sa brique !

Arrivée au début de l’été 2018, son métier consiste à développer des programmes informatiques. Aujourd’hui, elle travaille sur deux projets.

Le premier projet, OSIRIS, est un projet national porté par l’institut National du Cancer (INCa) et coordonné au sein d’un groupe réunissant les centres labellisés SiRIC. Ce projet a pour but de connecter des données de cancérologie, cliniques et omiques (approches permettant d’appréhender la complexité du vivant dans son ensemble), entre différents établissements de santé. Au total, 7 centres sont impliqués dans la mise en place d’un modèle de données commun. Aujourd’hui le cancer est une maladie qui est définie au niveau moléculaire par la détection de biomarqueurs spécifiques du cancer. L’analyse moléculaire peut servir à diagnostiquer certains types de cancer et à élaborer des traitements ciblés qui seront plus efficaces pour un profil tumoral particulier. Néanmoins, il n’y a souvent pas assez de profils similaires à étudier au sein d’un même établissement. L’idée du projet OSIRIS est donc de pouvoir aider la recherche en travaillant avec d’autres établissements afin d’obtenir plus de profils similaires à étudier. Ainsi la standardisation des données au format OSIRIS permet de faciliter leurs échanges entre les centres. « J’ai participé à des réunions avec les autres centres et développé des programmes pour mettre au bon format les données de l’Institut Curie, précise Amel Yahou. Nous avons réalisé la preuve de concept en nous basant sur un échantillon de données pseudonymisées (il s’agit de données complètement anonymes qui ne permettent en aucun cas d’identifier une personne) issu de différents essais de médecine de précision. » Aujourd’hui, les infrastructures sont en place pour pouvoir requêter les différents centres. « Le modèle a été arrêté pour la preuve de concept mais il est appelé à évoluer par la suite pour pouvoir répondre à un nombre plus important de questions. »

Le deuxième projet, Octopus, a pour but de proposer des outils permettant de fluidifier les échanges de données entre le centre de recherche et l’hôpital. La mise en place de services et de pipelines informatiques vont permettre de faciliter le partage des données, en conformité avec la MR-004. Il s’agit d’une nouvelle réglementation adoptée par la CNIL en vertu du règlement européen sur la protection des données (RGPD), qui encadre les traitements de données à caractère personnels à des fins d’étude, d’évaluation ou de recherche n’impliquant pas la personne humaine. Autre objectif : économiser du temps et des ressources en limitant la duplication inutile des données quand celles-ci sont déjà disponibles.

En parallèle, Amel Yahou travaille sur l’amélioration de la qualité des données contenues dans les bases et les entrepôts de données.

C’est un domaine riche et intéressant, j’apprends beaucoup et j’apprécie particulièrement de voir concrètement les aides que l’on peut apporter à l’utilisateur. Quand un projet aboutit et qu’il est utilisé, c’est valorisant !