Les tumeurs cérébrales embryonnaires avec altération du gène BCOR : types cellulaires et gènes essentiels
Les tumeurs cérébrales embryonnaires pédiatriques constituent la majorité des tumeurs cérébrales malignes chez l’enfant. Elles sont composées de 4 entités : les medulloblastomes, les tumeurs rhabdoïde teratoïde atypique, les tumeurs embryonnaires avec rosettes pluristratifiées, et “les autres tumeurs embryonnaires rares”. Nous étudions, dans ce dernier groupe, les tumeurs du système nerveux central avec une duplication du gène BCOR (tumeurs CNS BCOR ITD). Elles apparaissent chez de jeunes enfants, il n’existe pas de traitement standard, et le taux de survie est faible.
Nos connaissances sur hétérogénéité intra-tumorale et spatiale, ainsi que sur les processus responsables du développement de ces tumeurs sont faibles. Nous avons donc pour but de les étudier à l’échelle de la cellule unique pour caractériser leur complexité intra-tumorale qui est une des causes principales d’échec thérapeutique.
En collaboration avec Dr. A. Tauziède Espariat (Hospital Ste-Anne) and Dr. F. Bourdeaut (Institut Curie), nous avons générés et analysons des données de single-nucleus RNA-seq/ATAC-seq et de transcriptome spatial d’échantillons de tumeurs CNS BCOR ITD. Nous allons identifier les différentes populations de cellules les composant, leurs «master regulators » et caractériser leur micro-environnement. Nous avons également pour but de révéler la répartition spatiale des types cellulaires, prédire leurs interactions et leurs implications dans le développement tumoral.
De plus, en collaboration avec Dr. R Margueron (Institut Curie), nous identifierons les gènes essentiels à leur développement par un criblage de gènes à grande échelle avec la méthode CRISPR/cas9 sur PDXs (Patient derived xenografts).
Grace à ce projet, nous espérons apporter une nouvelle caractérisation fonctionnelle de l’hétérogénéité intra-tumorale des tumeurs CNS BCOR ITD et permettre un grand pas en avant vers l’identification des mécanismes responsables de la progression de ces tumeurs pediatriques rares mais souvent fatales.
Ce projet est financé par la Société Française Cancers Enfant (SFCE) et un financement INCA “High-risk, High-Gain, pediatric tumors”.